Zahvaljujući cjelovitom i individualnom pristupu uz pomoć ženina kalendara s bilješkam ciklusa, moguće je dobiti puno više informacija o zdravlju i plodnosti žene te ciljano raditi potrebne pretrage i primijeniti terapiju. Normalne vrijednosti određenih nalaza koji se rade, kao i principi izvođenja nekih pretraga se razlikuju u NaPro liječenju i u klasičnom pristupu.

Ključ liječenja je postavljanje dijagnoze. Uzrok (najčešće više njih te neki do tad neutvrđeni) se otkrije u gotovo 100% parova koji imaju problem neplodnosti ili spontanih pobačaja. U liječenju se koriste lijekovi ovisno o uzroku, a najčešće uključuju hormonalnu terapiju te razne druge lijekove, nadomjeske prehrani, dijetalne preporuke i slično. Nekada je potreban i kriruški zahvat.

Bitno je istaknuti da NaPro gleda na neplodnost kao na kroničnu bolest koja zahtjeva takav tretman – otkriveni uzrok se nastoji otkloniti, a organizam se nastoji dovesti u stanje zdravlja kako bi se trudnoća dogodila prirodnim putem i održala do kraja. Liječenje može trajati i do dvije godine (s tim da neki parovi postignu trudnoću već na početku liječenja).

Tijekom liječenja bitno je da je par usredotočen na proces stvaranja optimalnih uvjeta za prirodnu i uspješnu trudnoću, a začeću treba dati prostor da se dogodi bilo kad u tom procesu.